Yo a esa centralita le he hecho todo lo que te he puesto anteriormente con vag-com 512.4 y vds-pro; sin trucos raros, con los procedimientos normales que se conocen. Puede que se bloqueara y no te permitiera más modificaciones.
Lo de desconexión a través del inmo, imposible en todas las 1J0.
Si te ha entrado agua, yo compraría algunos sprays de limpiacontactos y echaría generosamente en todo el área afectada contacto por contacto retirando los relés y fusibles echar y volver a montar uno por uno, abrir todos los conectores posibles y la misma operación.
Por otro lado, me extraña que se haya inundado la centralita confort pues está situada a una altura un poco por debajo al centro del volante; yo calculo unos 40 cm. aproximadamente desde la moqueta, te ha tenido que entrar muchísima agua.