Camelot, este fallo:
01315 - Transmission Control Module
49-00 - No Communications
es debido a que esa eeprom que has cargado pertenecía a un vehículo con cambio automático.
Y este otro:
01336 - Data Bus for Comfort System
49-00 - No Communications
00778 - Steering Angle Sensor (G85)
49-00 - No Communications
es debido a que esa versión de la eeprom es para 1C0 y no se entiende con tu 1J0. Para que me entiendas, está buscando dispositivos que tu coche no tiene.
Estos 2 fallos:
17978 - Engine Start Blocked by Immobilizer
P1570 - 35-10 - - - Intermittent
01314 - Engine Control Module
004 - No Signal/Communication - Intermittent
son normales porque no has casado el cuadro con la llave y has puesto contacto...
Y estos otros:
00953 - Interior Light Time limit
25-10 - Unknown Switch Condition - Intermittent
00912 - Window Regulator Switch; Front Left (E40)
27-10 - Implausible Signal - Intermittent
también son bastante "normales" y nada tienen que ver con el cambio de cuadro. El primero puede ser debido a que lleves leds interiores y el segundo indica que el pulsador de los elevalunas falla (la botonera de tu puerta).
Prueba a cargar otra de las eeprones que te pasé que alguna tiene que ser compatible y luego borra uno por uno todos los errores que te aparezcan, ok? Recuerda también hacer un "Clear Ecu Errors" cada vez que cargues una eeprom.
Un saludo